Top-Down测序解决方案

蛋白N端和C端测序

MALDI-TDS是在MALDI源中使蛋白质（分子量大于 40 kDa）发生源内裂解(ISD)，从而可以有效地读出蛋白N端和C端序列。这一方法可以用来鉴定未知蛋白，深入分析蛋白的结构或突变位点的精细结构。即使是非常复杂的蛋白，如PEG化的药用蛋白质也可以用MALDI-TDS分析。

MALDI-TDS 还可以对N端封闭的蛋白进行分析，扩展了传统Edman测序的能力。在ultrafleXtreme(-TOF/TOF) 和具有 ESI/MALDI双源的FTMS仪器中都可以进行MALDI-TDS。在ultrafleXtreme-TOF/TOF仪器中，用ISD裂解糖肽可以选择性地读出肽的序列，同时传统的CID则优先产生多糖的片段。

完整测序

通过采用amaZon ETD 仪器中的TDS技术，组蛋白得到有效的表征。经过对带2-4个电荷的前体离子进行选择，可以直接读出<10 kDa蛋白的大部分序列。这允许在未经色谱分离的前提下从混合物当中鉴定组蛋白。如果在进行ETD碎裂后再进行质子转移反应（PTR），就可以把大蛋白片段的电荷数减少到离子阱可以分析的2-4个电荷数，这样一来就可以增加可分析的蛋白质的质量范围。

FT-ICR-MS的分辨率高达50,000以上，准确度可达亚ppm级，其极高的分辨率正是对未酶解的蛋白进行整体分析（包括高精度MS、测序及所有修饰的检测）所必需的。solariX仪器允许从较复杂的样品当中分离出单个蛋白进行片段化分析，并提供了两种方法可以进行自上而下的测序，一种是基于ESI的ECD和ETD碎裂技术，产生更丰富的数据；一种是基于MALDI的ISD技术，只产生单电荷，谱图更容易分析。